国内外来種(こくないがいらいしゅ)とは、国外ではなく、国内(通常は日本)に移入された生物のこと。
通常、外来種といれば国外から来た国外外来種を指すが、本来の定義的には国内外を問うことは無い。
国内外来種は、主に遺伝子撹乱の危険性が知られている。